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肝細胞癌相關差異基因的生物信息學及預后分析

作者:朱亞玲; 趙洪波; 蔣保三; 王剛; 張越美; 刁勇 華僑大學醫學院; 福建泉州362021; 昆明醫科大學分子臨床醫學研究院暨云南省干細胞和再生醫學重點實驗室; 云南昆明650500

摘要:肝細胞癌是全球癌癥相關死亡的主要原因,目前對肝細胞癌的發病機制研究尚不完善,探索肝細胞癌發生、發展相關的分子標志物及其預后具有重要意義。從GEO數據庫獲得肝細胞癌組織和非癌組織的基因表達陣列數據GSE84402,利用GEO2R篩選差異表達基因;采用DAVID數據庫對差異基因進行GO富集分析和KEGG通路分析;通過STRING數據庫和Cytoscape軟件構建差異表達基因對應的蛋白質相互作用網絡,并從網絡中篩選出核心基因(hub genes);結合KM plotter數據庫的臨床信息對hub genes進行預后分析。結果顯示:共得到1307個差異表達基因,其中上調基因741個,下調基因566個,這些差異表達基因主要涉及細胞分裂、細胞周期、DNA復制及物質代謝等生物學過程及生物通路。通過GO、KEGG及蛋白質相互作用網絡篩選出BUB1、BUB1B、CCNA2、CCNB1、CCNB2、CDC20、CDK1、MAD2L1、PLK1等9個hub genes,進一步分析發現hub genes均與細胞周期的調控相關,表明細胞周期的調控失常在肝細胞癌的發生、發展過程中具有重要作用。生存分析顯示9個hub genes在肝細胞癌患者中均為表達上調的基因,且與患者預后不良相關,這為尋找肝細胞癌患者預后相關生物標志物的研究提供了線索。

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