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應用基因本體數據庫分析中波紫外線對HaCaT細胞microRNA表達的影響

作者:楊玲; 許速; 胡中華 解放軍昆明總醫院皮膚科; 650032; 解放軍昆明總醫院腫瘤科

摘要:目的應用基因本體(GO)數據庫分析中波紫外線(UVB)對人永生化角質形成細胞(Ha Ca T細胞)micro RNA(mi RNA)表達的影響。方法 Ha Ca T細胞根據UVB強度(100m J/cm^2、200 mJ/cm^2、400 mJ/cm^2)及輻照時間(12~24 h)的不同組合,完成7張mi RNA芯片[(對照、100 mJ/cm^2(12 h)、100 mJ/cm^2(24 h)、 200 mJ/cm^2(12 h)、200 mJ/cm^2(24 h)、400 mJ/cm^2(12 h)、400 mJ/cm^2(24 h)]的制作及掃描,篩選差異表達的mi RNAs,采用Target Scan進行靶基因預測,并對其進行基于GO數據庫的功能富集分析。結果不同強度UVB輻照HaCaT細胞后均出現差異miRNA表達,其中400 mJ/cm^2 UVB處理組的miRNA差異表達最為明顯,根據差異倍數(fc)篩選9個miRNAs擬進行后續實驗研究,分別為上調表達的miR-8063、miR-1273f、miR-4497、miR-4778-5p、miR-6510-5p和下調表達的miR-1973、miR-5100、miR-205-3p、miR-4485-3p。靶基因預測及GO富集分析發現部分靶基因功能涉及T淋巴細胞介導的細胞毒作用、T淋巴細胞耐受、B淋巴細胞分化、自然殺傷細胞增生、樹突細胞抗原處理提呈、免疫球蛋白產生以及中性粒細胞穩態等方面。結論 UVB作用HaCaT細胞后存在差異表達miRNAs,其靶基因功能與體液免疫和細胞免疫相關。

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