摘要：蒙古野驢是生活在亞洲中部荒漠、半荒漠和荒漠草原重要的珍稀有蹄類動物。采用PCR和測序技術，我們成功測定新疆卡拉麥里山有蹄類自然保護區日常監測時獲得的26匹蒙古野驢（Equus hemionus）樣本的mtDNA D-loop區核酸序列，對蒙古野驢的遺傳多樣性及其系統發育地位進行了初步研究。研究結果發現該區域蒙古野驢核苷酸多樣性較高（π=0.20392±0.05230），單倍型多樣性與其他馬科動物大致相同（Hd=0.982±0.020）。表明新疆卡拉麥里有蹄類自然保護區蒙古野驢的遺傳多樣性十分豐富。Tajima s D值為負，中性檢驗不顯著（P>0.10），表明新疆卡拉麥里山有蹄類自然保護區的蒙古野驢在整體水平上并未出現過瓶頸效應或者快速擴張等歷史事件。采用鄰接法（NJ）和最大似然法（ML）構建單倍型之間的進化樹，結合Network構建的單倍型間網絡圖顯示2個重要分支。我們通過歷史分布及地理位置推測卡拉麥里山有蹄類自然保護區的蒙古野驢可能存在外來種群的遷入。將本研究得到的蒙古野驢序列與GenBank檢索獲得的另外7種馬科動物的mtDNA D-loop區基因進行比較，發現馬科動物分化過程中平原斑馬出現最早，山斑馬首先分離出來，然后是蒙古野驢、藏野驢、努比亞野驢、細紋斑馬，最后是普氏野馬與非洲野馬，其中與蒙古野驢最接近的物種是藏野驢。