摘要：本研究以線粒體DNA Cyt b基因為分子標記，對塔里木馬鹿（Cervus elaphus yarkandensis）3個地理種群的遺傳多樣性進行了評價，并運用SPSS 19.0和Canoco 4.5軟件對生存在不同生境中的塔里木馬鹿和天山馬鹿進行了比較，以進一步探討了塔里木馬鹿種群遺傳多樣性與環(huán)境因子之間的關系。遺傳分析結(jié)果表明：塔里木馬鹿且末種群具有相對較低的單倍型多樣性（H=0.363±0.152）和核苷酸多樣性（π=0.005±0.003），沙雅種群具有相對較高的單倍型多樣性（H=0.911±0.059）和核苷酸多樣性（π=0.016±0.002）；種群之間的基因流（Nm）和遺傳分化程度（F ST）顯示，塔里木馬鹿各地理種群具有顯著的遺傳分化。馬鹿種群遺傳多樣性與環(huán)境因子的相關性分析表明：塔里木馬鹿和天山馬鹿種群的遺傳多樣性與年均降水量（r=0.783）和海拔（r=0.997）呈顯著的正相關，與緯度（r=0.414）呈正相關性，與年均無霜期、年均氣溫、年均日照、經(jīng)度、人口、年均畜牧數(shù)量和年均耕地面積呈負相關性。蒙特卡洛里檢驗的結(jié)果表明：顯著影響塔里木馬鹿種群遺傳多樣性的環(huán)境因子分別為年均氣溫（r=0.852，F(xiàn)=7.450，P=0.038）、年均降水量（r=0.612，F(xiàn)=6.240，P=0.050）、人口（r=-0.816，F(xiàn)=7.370，P=0.046），因此這些因素是主要的環(huán)境因子。