摘要：GRL02031是人體免疫缺陷病毒（HIV-1）天冬氨酸蛋白酶的抑制劑，是潛在的治療艾滋病藥物，HIV-1蛋白酶中Asp25/Asp25＇的質子化狀態對于理解HIV-1 蛋白酶和抑制劑的作用機制以及氨基酸變異對抗藥性的影響有重要意義。本文對Protease-GRL02031（PR-031）復合物的最可能的四種質子化狀態進行了5ns分子動力學模擬，分析了Asp25/Asp25＇不同的質子化狀態對動力學特征和作用機制的影響，用MM-PBSA的方法計算了PR-031復合物在各種質子化狀態下的結合自由能，同時對作為PR-031作用橋梁的水分子與PR-031復合物形成氫鍵的分析，表明水分子在ASP25質子化狀態下最為穩定。結果顯示A鏈ASP25中OD2質子化更有利于蛋白酶與抑制劑GRL- 02031的結合，是最可能的質子化狀態。這對更高效的抗變異藥物的設計提供了理論上的指導。